Yahiko menjadi yatim-piatu selama Perang Dunia Kedua dengan demikian,
Yahiko harus mencari nafkah untuk dirinya sendiri dengan cara mencuri makanan dari orang lain.
Yahiko kemudian bertemu Konan, yang juga yatim-piatu, dan keduanya mulai bekerja-sama untuk bertahan hidup.
Setelah itu, Konan membawa anak yatim lain, Nagato dan anjingnya, Chibi ke dalam kelompok.
Pada awalnya,
Yahiko marah karena Konan membawa orang lain, tapi
Yahiko kemudian menerima Nagato dan Chibi ke geng-nya.
Suatu saat, karena marah betapa tidak adilnya dunia ini kepada mereka,
Yahiko menyatakan akan menjadi 'dewa' untuk mengakhiri peperangan.
Ketiga orang ini akhirnya menemui Jiraiya, meminta untuk diajari ninjutsu.
Pada satu waktu, Nagato menyelamatkan
Yahiko dari Chunin Iwagakure yang menyerang mereka.
Setelah itu,
Yahiko bersumpah untuk menjadi cukup kuat untuk melindungi Konan, Nagato, dan Amegakure.
Selama mereka berguru pada Jiraiya,
Yahiko menciptakan sebuah sistem pertahanan untuk melindungi diri mereka sendiri yang terdiri dari empat papan, masing-masing dengan satu sisi merah dan satu sisi putih yang memiliki gambar kodok di atasnya.
Terdapat nama mereka di bawah setiap papan masing-masing, yang di sebelah kiri Nagato,
Yahiko di tengah, dan yang di sebelah kanan Konan sementara Jiraiya ada di dinding terpisah. Tujuan dari papan adalah mekanisme pertahanan.
- Jika salah satu dari mereka berada di tempat persembunyian mereka, mereka akan mengubah papan mereka ke sisi merah.
- Jika papan berubah merah namun orang itu tidak ada, itu bisa mengingatkan orang lain bahwa anggota mereka telah diculik.
- Jika salah satu dari mereka meninggalkan tempat persembunyian, mereka akan mengubah papan ke sisi putih.
- Jika papan berubah ke sisi putih namun orang itu ada di tempat persembunyian, itu berarti musuh telah menyamar dan menyusup ke tempat persembunyian itu.
Jiraiya juga membangun sebuah pintu jebakan tersembunyi di antara papan lantai menuju ruang tersembunyi dan rute darurat untuk melarikan diri.
Suatu hari, Jiraiya mengatakan bahwa sudah waktunya untuk melatih ketiga orang tersebut.
Yahiko menanggapi dengan antusias dan mengatakan bahwa suatu hari dia akan menjadi lebih kuat.
Seiring waktu, ketiga orang itu berlatih untuk menjadi shinobi berbakat di bawah bimbingan Jiraiya.
Beberapa waktu setelah kepergian Jiraiya dari Amegakure, ketiga orang itu memperoleh reputasi sebagai kelompok shinobi yang berbakat.
Dalam mimpinya untuk menciptakan perdamaian,
Yahiko akhirnya menyatukan teman-temannya dengan nama Akatsuki, yang merupakan ide dari Tobi.
Akatsuki menyebarkan keyakinan mereka untuk menghentikan peperangan tanpa kekerasan, dan berita dari mereka akhirnya sampai ke Jiraiya.
Ketika kelompok mereka menjadi semakin besar, mereka dipaksa untuk mencari tempat persembunyian lain, dan meninggalkan markas dimana mereka pernah tinggal dengan Jiraiya.
Kelompok mereka menjadi begitu terkenal sampai Hanzo, pemimpin Amegakure, menganggap mereka sebagai ancaman terhadap kekuasaannya.
Bekerja-sama dengan Danzō selama Perang Dunia Ketiga Shinobi, mereka menangkap Konan dan memaksa Nagato untuk memilih untuk membunuh
Yahiko atau nyawa Konan melayang.
Tanpa ragu,
Yahiko berlari ke arah Nagato hingga akhirnya tertusuk kunai milik Nagato. Dengan napas terakhirnya,
Yahiko berpesan kepada Nagato untuk melanjutkan misi mereka menemukan kedamaian.